La planimetria della Cripta è stata accostata alle forme delle chiese tardo-bizantine, con pianta quadrata comunque centrica, della cosiddetta “seconda età d’oro”. Il modello più prossimo a cui è stata paragonata, insieme al “San Salvatore” di Giurdignano, è il “San Pietro” ad Otranto.
“Planimetrie, dunque, tipicamente analoghe alla Cattolica di Stilo, fedele filiazione degli esempi greci e costantinopolitani, anche se è evidente (nella cripta) mancanza di razionale sistematicità iconografica”.
Tuttavia, anche se “S. Maria” non ha la raffinatezza architettonica del “S. Salvatore” di Giurdignano, si riscontra un rapporto tipologico più stretto tra queste due chiese-cripte e non si ravvede una “filiazione” diretta tra l’ipogeo di Poggiardo e il San Pietro di Otranto.
Il Pavimento della Cripta è in terra battuta, mentre il soffitto originario, non più esistente, era di altezza media di 2,20 metri e aveva forma per lo più pianeggiante, come è deducibile da piccole zone ancora presenti; tracce di gradino sedile sono nel Naos e in prossimità dell’ingresso originale si trovano resti di alcuni gradini di accesso; è presente un resto di altare staccato, quasi sicuramente, dalla parete nell’abside mediana e di una mensa, molto probabilmente adibita alla preparazione della “Specie”, in quella di sinistra.