La Cripta si trova nel cuore del paese, in Via Don Minzoni, sotto la sede stradale, nei pressi sia della Chiesa Madre, la cui facciata è datata 1773, sia del Palazzo Ducale dei Guarini, anch’esso databile al XVIII secolo.
L’attuale accesso, dal lato del Palazzo Ducale, avviene mediante una scala metallica. La copertura della volta, in mancanza di quella originale, è stata realizzata con solaio piano: tale intervento, insieme alla realizzazione di un pilastro interno, fa parte di un restauro tendente alla salvaguardia del sito originario della Cripta. Gli affreschi originali sono esposti in un edificio-museo all’uopo realizzato a Poggiardo: si tratta di una realizzazione in cemento, situata nella villa comunale in Piazza G. Episcopo.
All’interno è stato ricostruito sul pavimento il perimetro approssimativo della cripta con l’esclusione dell’iconostasi, degli arredi litoidi e con la riduzione del Bema; lungo tale perimetro sono stati montati su telai, nella loro disposizione originaria, gli affreschi restaurati. Lo sdoppiamento delle pareti della Cripta, se da un lato ha permesso un accurato studio e restauro della decorazione pittorica, aveva però portato al completo degrado la parte architettonica che fu espressione culturale delle popolazioni che l’hanno voluta e resa funzionale ad un certo tipo di rito, quello greco, che in essa si officiava. Nel 1999, l’Amministrazione Comunale ha reso agibile la parte architettonica con l’inserimento nella posizione originaria delle copie degli affreschi realizzati su polistirolo ignifugo